Chợ Long Biên có diện tích 27.148 m2 với hơn 1.200 hộ kinh doanh các loại mặt hàng rau củ quả. Trung bình mỗi ngày có hàng trăm tấn nông sản “đổ bộ” xuống chợ.

Mọi hoạt động giao thương đều diễn ra vào nửa đêm cho đến sáng sớm hôm sau. Và, khi kết thúc cũng là lúc chợ Long Biên trở thành một “bãi chiến trường” ngổn ngang những loại túi ny lon, rơm, bao bì, hoa quả thối nát…

Mặc dù, khi buôn bán ở chợ, các tiểu thương phải ký vào bản nội quy trong đó có quy định về vệ sinh môi trường, tuy nhiên, rác từ quá trình buôn bán vẫn đổ thải ra môi trường một cách ồ ạt.

Một số tiểu thương cho biết: Hệ thống thoát nước trong khuôn viên chợ đã hư hỏng nghiêm trọng, gây ùn tắc nước nên khu vực này thường bốc mùi khó chịu.

Bên cạnh đó số lượng rác quá lớn khiến việc tồn đọng rác hay xảy ra. 

Cuối năm 2014, chợ Long Biên đã được đầu tư để cải tạo, nâng cấp; Tuy nhiên, vấn đề ô nhiễm môi trường tại khu chợ vẫn chưa được khắc phục.

 Khu chợ này hoạt động từ năm 2012, có tổng diện tích 21.000m2, cung cấp một lượng lớn nông sản cho khu vực Nam Hà Nội.

Khu vực chợ đầu mối phía Nam Hà Nội thường họp từ 1-2h sáng đến 12 h trưa hôm sau, cũng ngập ngụa trong rác thải sau mỗi phiên chợ.

Những đống rác thải lâu ngày tồn tại ngay giữa chợ.

Hệ thống thoát nước ứ đọng, ngày mưa nước cống đen dềnh lên lênh láng. Xung quanh những bãi nước đặc sệt, đen ngòm bốc mùi hôi thối tiềm ẩn nguy cơ bệnh dịch cao.

Rác thải rải rác khắp chợ; từ hoa quả, túi nilong, đến thùng xốp, thùng phuy…

Khu chợ này thường bị phản ánh là bẩn nhưng vẫn tấp nập người mua. Vào giữa năm 2016, khu kinh doanh thịt tại chợ được xác định có vấn đề về an toàn vệ sinh thực phẩm .

Đầu tháng 8/2017 lực lượng chức năng đã phát hiện cửa hàng bán tôm bơm tạp chất tại khu chợ này.

Theo đề án “Phê duyệt quy hoạch tổng thể phát triển mạng lưới chợ toàn quốc đến năm 2025, tầm nhìn 2035”, trong vòng 5 năm tới, Hà Nội sẽ phải xóa bỏ hoặc di dời chợ Long Biên (Hoàn Kiếm) và chợ đầu mối phía Nam (Hoàng Mai).